C.E.73。「GSX-401FWスターゲイザー計画」に携わるDSSD技術開発センターの技術者セレーネ・マクグリフと、地球連合軍第81独立機動群、通称・ファントムペインにおいてモビルスーツ「GAT-X105Eストライクノワール」を操る青年スウェン・カル・バヤンの物語を描いています。

太平洋連合が極秘裏に開発していた連合初のＭＳ・ガンダムがザフトのＭＳ部隊により次々と奪われる中、最後の一機ストライクガンダムには、戦闘に偶然巻き込まれたヘリオポリスの学生キラ・ヤマトが乗り込み・・

偶然にも地球連合MSストライクのパイロットとなってしまったコーディネーターのキラは、かつての親友アスランから攻撃を受ける事となってしまう。中立国のオーブへと逃げ込んだアークエンジェルだったが、容赦の無いザラ隊の攻撃は互いに友達を失いあう結果となってしまう。親友同士なのに戦わなければいけないこの戦争に、徐々に疑問を感じ始めるキラやアスランたち。果たしてこの戦いの行方は・・

フリーダムを操り、幾多もの危機を乗り越えてきたキラは、かつての友・アスランと再会し、再びアークエンジェルで宇宙へと飛び立つ。ナチュラルとコーディネーター、互いを滅ぼすべく激化する最終決戦のゆくえは・・

フリーダムを操り、幾多もの危機を乗り越えてきたキラは、かつての友・アスランと再会し、再びアークエンジェルで宇宙へと飛び立つ。ナチュラルとコーディネーター、互いを滅ぼすべく激化する最終決戦のゆくえは・・

ザフトのＭＳ部隊に次々と奪われるガンダムだったが、最後の一機ストライクガンダムには、戦闘に偶然巻き込まれたヘリオポリスの学生キラ・ヤマトが乗り込み・・

４機のガンダムによる攻撃を受け、連合の要塞アルテミスまでも壊滅させられてしまったアークエンジェルは・・

何もできなかった自分の弱さ、親友アスランと戦わなければならない辛さ、そして人質という作戦への疑問・・様々な思いが交錯するキラは・・

４機のガンダムをはじめとするザフト軍の猛攻の前に、連合軍の戦艦は次々と沈められていく。数々の犠牲を代償に、やっとの思いでアークエンジェルが降下したのは・・

お互いの存在に驚きを隠せない二人。そんな中、さらに厳しい戦いを強いられるキラは、フレイに安らぎを求め、親友サイとの間には深い亀裂ができてしまう。

空と海からの攻撃に苦戦を強いられる連合軍。その最中、スカイグラスパーで出撃したカガリは移動中のアスランと遭遇、両機は被弾し、無人島へ落ちてゆく・・

アスラン達ザラ隊の執拗な追撃に、オーブの領海へと追い込まれたアークエンジェルはオーブ軍から領海離脱の警告をうけてしまう。双方に挟まれ身動きの取れなくなったカガリ達は・・

互いに友を奪われたキラとアスランは、互いが望まぬ最悪の展開へ・・悲しみと怒りに、２機のガンダムは激突する！

囮にされザフトの激しい攻撃にどうすることもできないアークエンジェルに最大の危機が訪れようとしたその時、最新鋭ＭＳ・フリーダムに乗ったキラが現れる。

地球連合のやり方に不満をもつアークエンジェルはオーブへと加勢するのだが、地球連合の大軍と３機のガンダムタイプの新型ＭＳのパワーに苦戦してしまう。その時、戦況を見つめていたアスランのジャスティスが・・